Nakon što glavni junak brani ženu od zlostavljanja od pijanog muškarca na ulici, pijanac ga lažno optužuje za napad i biva stavljen na uvjetnu kaznu, što rezultira protjerivanjem iz njegove škole. Nakon što je protjeran, protagonista je poslan u Tokijo da ostane s obiteljskim prijateljem Sojirom Sakurom i pohađa akademiju Shujin tijekom njegove dugogodišnje uvjetne kazne.

Nakon dolaska uvučen je u Velvet Room, gdje ga Igor upozorava da se mora "rehabilitirati" kako bi izbjegao nadolazeću propast, i omogućuje mu pristup nadnaravnoj mobilnoj aplikaciji koja ga vodi u Metaverse i Palaču školskog trenera odbojke Suguru Kamoshide. Glavni junak upoznaje Morganu, mačkoliko stvorenje, koje ga obavještava o sposobnosti da promijeni srca zlih ljudi kradući njihovo "Blago", koji je emocionalni korijen njihovog ponašanja i želja, iz Palaća kojima vladaju njihove sjene.

Glavni junak pretpostavlja kodno ime Joker i, zajedno s Morganom i njegovim prijateljima Ryuji i Ann, reformira Kamoshidu. Grupa tada formira Fantomske lopove srca, kradući korupciju iz srca odraslih kako bi reformirali grad. To uključuje seksualno nasilnog srednjoškolskog odbojkaškog trenera, umjetnika koji plagira, mafijaškog šefa, izvršnog direktora koji maltretira svoje osoblje i korumpiranog okružnog tužitelja.