Glavni junak Persone 5 student je transfera na Akademiji Shujin. Na početku igre nema snage, utjecaja na svijet te je sputan pravilima sustava u kojem je rođen.

Međutim, ispod njegovog tihog ponašanja nalazi se snažna volja Wild Card-a koja vodi Fantomske lopove i sposobna je iskoristiti Metaverse kako bi utjecala na stvarnost. Protagonista se kodno zove Joker, a stanovnicima Velvet Room-a poznat je kao Trickster. Protagonista je vođa pobunjenih Fantomskih lopova srca, skupine kojoj je cilj promijeniti društvo dodirivanjem srca ljudi i izvođenjem ilegalnih pljački.